„Smeltės“ progimnazijoje veikia šios savivaldos institucijos:
· Mokyklos taryba;
· Mokytojų taryba;
· Mokinių taryba;
· Metodinė taryba.
Progimnazijoje veikia šios komisijos ir darbo grupės:
· Mokytojų atestacijos komisija;
· Vaiko gerovės komisija;
· Paramos skirstymo komisija.
